O email é completamente separado do iCloud. Mesmo que a configuração de correio dentro do painel de preferências do iCloud esteja habilitada ou não, tudo isso faz com que você tenha um endereço de e-mail do iCloud para usar no Mail.
Independentemente desta definição, o seu Mail está entre o seu servidor de correio (Gmail, por exemplo) e o seu Mac.
Outras aplicações, no entanto, usam o iCloud para sincronizar seus dados. Contatos, calendário e lembretes são os equivantes do Outlook que são sincronizados com o iCloud. Estes podem ser desativados dentro do painel de preferências do iCloud.