Você pode usar o Intel ME para bloquear dispositivos USB desconhecidos e obter relatórios nos registros do sistema. Para configurar isso, você pode usar as "Vantagens do Intel Small Business" ou dar uma olhada nas amostras e codificar algo por conta própria. Você pode ter uma maneira de fazer isso a partir do UEFI, dependendo da sua placa-mãe.
Você também pode desativar portas USB não usadas.