No Google Chrome, vá para o canto superior direito > Configurações > Configurações avançadas de sincronização. Desmarque os favoritos e todas as outras coisas que você não deseja sincronizar. Você está feito. Se você quiser excluir esses favoritos, vá para o gerenciador de favoritos e selecione todos os marcadores que deseja remover e pressione excluir. Você pode ir para o gerenciador de favoritos clicando com o botão direito do mouse na barra de favoritos.
Certifique-se de fazer isso depois de sair do Google, caso contrário, eles serão excluídos da sua conta, e não da máquina.