Eu tentaria construí-lo com duas sobreposições, por exemplo:
ffmpeg -i INPUT.MP4 -loop 1 -i logo.png -filter_complex " [0] [1] overlay=10:main_h-overlay_h-10 [input_with_logo] ; \
drawtext=...your drawtext stuff... [drawtext] ; \
[input_with_logo][drawtext] overlay=...position the drawtext... " \
-vcodec h264 -preset veryslow -crf 18 -acodec copy -y OUTPUT.mp4