Eu tentei isso e funciona para mim. Eu estou supondo que você criou um atalho para o arquivo de lote, e o diretório de início não está correto. Nesse caso, adicionar um comando cd ao início do arquivo em lote para alterar o diretório em src deve corrigi-lo ou, como alternativa, usar um caminho absoluto para folder em vez de um relativo:
cd "C:\Whatever\src"
XCOPY ".\folder" "O:\program\dst" /E
ou
XCOPY "C:\Whatever\src\folder" "O:\program\dst" /E