Primeiro, openntpd e ntpdate são dois utilitários / programas completamente diferentes e foram mostrados para ter conflitos, porque eles têm diferentes abordagens para sincronizar o tempo para um host. Parece que os mantenedores do pacote CentOS / RHEL decidiram que as diferenças são sérias o suficiente para marcá-las como mutuamente exclusivas e evitar os problemas potenciais com os quais ambas as instalações podem levar - você pode ter uma ou outra, mas não as duas.
Assim, você tem algumas opções, pode desinstalar openntpd e instalar ntpdate (basta usar yum remove para removê-lo) ou pode deixar as coisas como estão e usar openntpd para fazer uma atualização manual :
ntpd -s -d