Essas chaves do registro contêm programas que são iniciados quando o Windows é iniciado. Se houver um erro aqui, você verá um pop-up dizendo que o Windows não encontrou um programa para executar.
Quando você navega para essa chave, e à esquerda, clica com o botão direito na tecla e escolhe Exportar ... você pode salvar o conteúdo dessa chave como um backup em um arquivo .reg. Depois de ter feito o backup, você pode excluir o que quiser e testar se o problema desapareceu. Se você excluiu uma entrada e a deseja de volta, basta clicar duas vezes no arquivo .reg que você criou e tudo está desfeito.
Tenha cuidado, porém, editar o registro pode fazer com que o windows pare de funcionar corretamente ou até inicialize. Não haverá muitos problemas se você estiver nas 4 chaves a seguir:
HKEY_Current_User\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_Current_User\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_LocalMachine\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_LocalMachine\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
Observe que a parte LocalMachine requer privilégios administrativos, enquanto o CurrentUser não. Se você tem spyware e isso foi causado em sua conta, e as outras contas no seu PC não o tiverem, ele não estará no LocalMachine de qualquer maneira.