Acredito que sua pergunta / postagem inicial esteja incorreta. Qualquer coisa sob HKEY_LOCAL_MACHINE se aplica independentemente da conta de usuário usada para efetuar login. Portanto, sua primeira instrução está incorreta. Quem quer que você esteja logado como, sua chave Run residiria nessa ramificação do registro:
HKEY_CURRENT_USER \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Executar
Usuários adicionais residiriam em HKEY_USERS. Se você editou a chave acima enquanto estava conectado como Administrador, isso também editaria a chave relevante em HKEY_USERS (já que HKCU é apenas um proxy para uma das entradas em HKEY_USERS).
Se você colocar o script test.cmd em HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run, ele será executado, independentemente de qual usuário fizer logon. Agora sua pergunta original no título diz que você deseja executar o comando "na inicialização do Windows". Você realmente quis dizer durante o processo de inicialização (ou seja, quando o logotipo do Windows está mostrando em uma tela preta), ou você quer dizer durante o processo logon ?