Sim, eu sei que esta pergunta tem um ano, mas não houve respostas.
Isso é artefato de movimento e é causado pelo codificador de vídeo. Como você já está em Q = 100, é possível que a única coisa que você possa fazer é usar um programa diferente para codificar o vídeo, como o X264.
Não é causado pelo intervalo do quadro-chave, pois é muito curto e a qualidade é muito alta. É causada pelas configurações de codificação mais sutis, como frame lookahead para controle de taxa, contagem de quadros de referência e, muito provavelmente, pelas configurações de estimativa de movimento, como algoritmo, intervalo e refinamento de subpixel, e possivelmente por não permitir o canal de croma para ser usado pelo algoritmo.
Você ainda pode usar a estreia para edição, mas precisará exportar para um formato descompactado ou escolher um codificador diferente para exportação (não faz ideia se isso é possível). Pode haver configurações avançadas adicionais no codificador padrão que podem permitir que você use melhores configurações de estimativa de movimento e corrija o problema.