Tenho certeza de que deve haver outros métodos para exportar e-mails do Thunderbird. Mas se você realmente tiver apenas arquivos html, você pode usar esse script como solução alternativa. Você perderá remetente, destinatário e assunto, mas o corpo ainda estará legível.
@echo off
for %%f in (*.html) do (
echo Content-Type: text/html > %%~nf.eml
echo. >> %%~nf.eml
type %%f >> %%~nf.eml
)
Salve o script com uma extensão de arquivo .bat e coloque-o em um diretório que contenha os arquivos html. Clique duas vezes nele para gerar um arquivo eml para cada html.