Sim, eles geralmente são separados. Pode depender da versão Debian, mas aqui eu tenho /etc/php5/cli/php.ini e /etc/php5/apache2/php.ini on jessie/sid
Eu tenho o Debian 7 instalado no meu servidor com uma pilha LAMP padrão e também o Mongo DB.
O Mongo e outras extensões PHP de terceiros funcionam corretamente através do apache. No entanto, estas extensões não funcionam no terminal.
Eu pesquisei para ver se outras pessoas têm o mesmo problema, mas não consigo encontrar uma resposta. Eu estou vagando se talvez haja um segundo arquivo php.ini para uso pelo terminal no Debian? Parece que a localização do arquivo php.ini varia entre a distro linux e, portanto, minha incapacidade de encontrar informações .
Obrigado Brian