Isso é bastante complicado e não há uma maneira fácil / rápida de fazer isso. A melhor abordagem é remover completamente a unidade, instalar o gnome3 e atualizar:
sudo apt-get purge unity unity-2d unity-2d-panel unity-2d-spread unity-asset-pool unity-services unity-lens-files unity-lens-music unity-lens-applications gir1.2-unity-5.0 unity-common indicator-sound indicator-power indicator-appmenu libindicator7 indicator-application indicator-datetime indicator-messages libnux-2.0-0 nux-tools libunity-misc4 unity-2d-common lightdm
sudo apt-get install ubuntu-gnome-desktop ubuntu-gnome-default-settings
sudo apt-get autoremove
sudo do-release-upgrade
Eu recomendo que você faça isso em um ambiente baseado em texto, já que os binários da GUI podem estar incompletos deixando a área de trabalho instável.
Se você deseja forçar a desinstalação da unidade, pode colocar o pacote em espera:
echo 'unity hold' | sudo dpkg --set-selections
Não estou totalmente certo de que do-release-upgrade respeita pacotes em espera, devido à falta de documentação.