Realmente não faz grande diferença - seria apenas a duas portas Ethernet. Se você precisar de recursos especiais, como sub-redes, sua máquina de serviço sendo a DMZ ou um gateway diferente ou outro domínio de transmissão, conecte-a diretamente ao roteador. Caso contrário, você poderá deixá-la diretamente conectada ao seu switch e evitar o tráfego para passar por essa porta ethernet extra. Você tem uma infra-estrutura de rede muito capaz, portanto, sua escolha realmente depende dos recursos que você deseja que seu servidor tenha.