Você pode tentar converter em um tipo de imagem sem perdas em vez de gerar mais arquivos TIFF. AFAIK, ImageMagick evita recompressão a todo custo; mas como está lançando avisos de que o arquivo original está usando a compactação de estilo antigo (TIFF Revision 6 JPEG anterior à Technote 2), ele pode estar recomprimindo-os de qualquer maneira, causando menor qualidade.
Tente um formato sem perdas primeiro; Se isso não ajudar, talvez seja necessário usar uma biblioteca diferente para extrair os quadros.
convert image.tif single%d.png
ou
convert image.tif single%d.bmp