Eu acredito que o controle está passando para o MBR do segundo disco e o disco usado para inicializar o Windows em algum momento no passado. Quando você instalou o Ubuntu, ele provavelmente substituiu o MBR no seu primeiro disco e você teve que consertá-lo para voltar ao Windows, não foi? Se não, você pode ter selecionado para tornar apenas a partição inicializável, mas uma das opções do EasyBCD deveria ter funcionado.
Basicamente, você precisa ter o MBR e o grub instalado, todos ordenados na segunda unidade. O EasyBCD na verdade não bagunça a própria partição do Linux. Consertar o MBR pode ser feito com uma cópia dd de um novo no primeiro setor do disco.