Eu resolvi meu próprio problema.
Modificado o código php para:
$output = shell_exec('./yapeal.sh');
echo $output;
Aqui está meu php:
//kickoff the yapeal script
echo "Starting yapeal.sh<br>";
echo "Current working directory: ";
echo getcwd() . "\n";
shell_exec('./yapeal.sh');
echo "<br>yapeal.sh ran, I hope.<br>";
Aqui está o yapeal.sh
#!/bin/bash
cd /var/www/tools/applications
php -f /var/www/lib/yapeal/yapeal.php
sleep 5s
echo "'date -u' Yapeal kicked off, working" > bashoutput.log 2>&1
Aqui estão os perms nos arquivos:
-rwxrwxrwx 1 www-data www-data 4640 Jul 10 07:20 index.php
-rwxrwxrwx 1 www-data www-data 2845 Jul 10 07:33 working.php
-rwxrwxrwx 1 www-data www-data 232 Jul 10 07:17 yapeal.sh
Aqui está o que eu recebo como saída no navegador da Web:
Starting yapeal.sh
Current working directory: /var/www/tools/applications
yapeal.sh ran, I hope.
Não há saída para o arquivo bashoutput.log.
Eu verifiquei meu php.ini, não há nenhuma referência a exec ou shell_exec na seção disable_functions.
Eu resolvi meu próprio problema.
Modificado o código php para:
$output = shell_exec('./yapeal.sh');
echo $output;