Eu usaria o suplemento de consulta de energia. Uma consulta pode importar dados de uma tabela do Excel. O comando Mesclar pode unir duas consultas, com uma opção para incluir apenas linhas correspondentes.
Assim, para o seu cenário, eu primeiro criaria uma Consulta para a tabela de 1.000 linhas. Em seguida, gostaria de iniciar uma nova consulta para a tabela de 10.000 linhas, adicionar uma mesclagem à primeira consulta e marque a opção para incluir apenas linhas correspondentes. Você pode entregar o resultado para uma nova tabela do Excel.