Não consigo pensar em um motivo pelo qual o excel deva alterar o caminho do arquivo. Se você quiser uma maneira de atualizar os hiperlinks mais rapidamente, você pode usar algo assim.
Você especifica um diretório de arquivos e assume que todos os valores na coluna A são os nomes de pdf (sem .pdf no final) e adiciona todos os hiperlinks.
Sub add_hypers()
Dim last As Integer
Dim x As Integer
Dim name As String
Dim directory As String
Dim file As String
directory = "C:\"
last = Data.Range("A65536").End(xlUp).Row
For x = last To 2 Step -1
name = Data.Range("A" & x).Value
file = directory & name & ".pdf"
ActiveSheet.Hyperlinks.Add Anchor:=Data.Range("A" & x), Address:=file
Next
End Sub