Porque você quebrou a cadeia de confiança. Ele não sabe que esses arquivos são os mesmos e simplesmente vê seu computador como um novo sistema, desde que foi formatado.
Ele não sabe qual versão está correta, então faz a coisa lógica (em sua mente) e baixa o conjunto de arquivos completo dos Servidores Dropbox (que devem estar sempre atualizados).
Se você quiser limitar quais pastas a sincronizar, clique com o botão direito do mouse no ícone na Bandeja do Sistema (suponho que você esteja usando o Windows - Você não especifica), vá para ícone Configurações e escolha a segunda guia. Você verá um botão para Sincronizar pastas selecionadas (o texto pode estar desativado - não está instalado neste PC). Uma caixa de diálogo de pastas será exibida e listará todas as pastas com marcas de seleção. Qualquer pasta com uma marca de seleção será sincronizada automaticamente.