Você pode escolher qual disco inicializar mantendo pressionada a Opção na inicialização. Se o disco já tiver iniciado a instalação do sistema operacional, talvez você não tenha um SO válido e talvez precise realmente executar novamente o instalador do OS X. O instalador não sobrescreve nenhum dado do usuário, mas se você puder acessar os dados, não seria uma má idéia fazer um backup.