A diferença é que a "opção inicial" orienta você pelo processo; padrão ou início rápido, baseado em VM ou baseado em sessão, implantando um Agente de Sessão, etc. e reduz o número de itens e opções que você precisa selecionar manualmente.
Ao passo que fazer isso mais tarde requer que você adicione manualmente esses componentes e faça essas escolhas.
Se você é novo no RDS do Windows Server 2012 e 2012 R2 e quer apenas decolá-lo, a "opção inicial" é a maneira mais fácil de implantar o RDS. Se você estiver familiarizado com o RDS no Windows Server 2012 e 2012 R2, convém usar uma abordagem mais manual e controlada e não usar a "opção inicial".
Observe que a "opção inicial" está sempre disponível para você no assistente Add Roles and Features no Gerenciador de Servidores. Você só precisa selecionar a opção Remote Desktop Services installation .