O maior impacto no desempenho seria a diferença de velocidade de seus controladores. Se o seu controlador integrado testasse uma velocidade 50% mais rápida que uma placa, você veria um desempenho de 50% quando os dados são acessados no controlador mais lento. Mas se o seu controlador comparou exatamente na mesma velocidade, eu aposto que você não veria nenhum desempenho real sobre as unidades sendo no mesmo controlador.
A melhor coisa que você pode fazer é comparar seus controladores separadamente, usando a mesma unidade para ter uma ideia do desempenho dos seus controladores. Em seguida, configure alguns arrays nos controladores usando diferentes combos, em seguida, teste e meça o desempenho dos arrays e compare com as marcas de seus controladores de forma independente. Então, faça sentido dos dados e escolha a melhor configuração.
Existem muitas variáveis entre diferença de unidade, diferenças de controlador, chipsets MB lidando com os dados de várias maneiras, e até como o software lida com coisas que o desempenho que você realmente vê dependerá muito das variáveis e parâmetros da sua configuração.
Então, em resumo, você não deve ver nenhum impacto de desempenho devido a controladores de divisão, mas o melhor desempenho não pode ser calculado até que você defina configurações variáveis, faça comparações e compare-as.
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