Você pode apenas executar o rsync nos dois servidores:
server1$ rsync -a -v -e "ssh -c arcfour" user@server2:/path/to/files /path/to/files
server2$ rsync -a -v -e "ssh -c arcfour" user@server1:/path/to/files /path/to/files
O Rsync só copia arquivos que ainda não estão no sistema de destino.