O GRUB2 fará a varredura do disco (como o GRUB) antes de gravar o MBR. A deferência é que o GRUB2 implementa mais sistemas de arquivos que o GRUB, então ele poderá encontrar a instalação do Linus. O GRUB2 irá sobrescrever o MBR do GRUB.
Além disso, encontrei um utilitário que carrega o Linux e só executa o GRUB para que você não precise fazer a instalação completa novamente.