O repo foi criado / clonado por um usuário diferente daquele que faz a compilação. Então o usuário que está fazendo a compilação não tem permissão de escrita nas pastas onde a compilação quer escrever autom4te.cache
sudo chown -R pi:pi /home/pi/download/usb-miner/software/cgminer
consertará o problema - pelo usuário "pi" assumindo a posse do diretório repo, permitindo assim que a compilação pelo usuário "pi" escreva nessas pastas.