Se, como parece ser o caso, gnome
e gnome-core
dependem de empathy
(ou algum outro pacote que dependa dele), mesmo que você consiga desinstalar empathy
sem remover pacotes que dependam de isso, o que depender dele não funcionará e você (nesse caso) terá um sistema que, na melhor das hipóteses, inicializará em uma linha de comando. Pode nem mesmo concluir a inicialização para um prompt de login de texto, dependendo do que mais depende de empathy
, através de qualquer cadeia de tamanho.