Adicionar o comando runas na caixa Destino das configurações do atalho estava funcionando no Windows 8, mas não mais no Windows 8.1.
Para executar um atalho como um usuário diferente na versão 8.1, você precisa adicionar o atalho à barra de tarefas e com [shift] [rightmouse] você pode inserir o nome de usuário alternativo e passar a executá-lo como usuário alternativo dentro da conta de usuário principal.
Espero que isso elimine um pouco as coisas, agora eu tenho duas dropboxes funcionando simultaneamente em 8.1, então o problema foi resolvido para mim.