Experimente o "WinMerge" (é grátis) para comparar 2 arquivos. Tem várias opções para comparar 2 ou mais arquivos - ou até diretórios / pastas. NB: Qualquer mecanismo de busca encontrará o WinMerge para você.
Acho que você sempre terá que descompactar os dois arquivos que precisa comparar primeiro.
O WinMerge usa dois painéis para mostrar o conteúdo de cada arquivo & destaca as diferenças. Tem muitas opções para que você veja exatamente o que você quer. Por favor, investigue-os primeiro.
Eu não sei de nenhum programa que possa permitir que você navegue pelo conteúdo de arquivos zip e, em seguida, compare dois arquivos de cada um deles - que é o que eu acho que você gostaria de fazer ..
Mesmo que você possa encontrar um programa desse tipo, ele ainda terá que descompactar os 2 arquivos em uma área ou pasta temporária primeiro, embora isso, naturalmente, economize algum esforço ... & limpeza.