que eu saiba, é perfeitamente seguro abrir os dois lado a lado. A instância do PAF é executada dentro de sua própria "caixa de areia" ou "contêiner", com acesso apenas ao seu próprio ambiente - essa é a ideia completa dos aplicativos portáteis.
Acabei de iniciar o chrome portable e regular chrome no meu pc e depois naveguei por um site, adicionei um favorito, entrei no facebook (definindo um cookie) e deletei meu histórico de navegação na versão portátil, além de responder à sua outra pergunta no modo de navegação anônima. Nenhuma dessas alterações foi realizada na versão para computador do Chrome.
Isso me leva a acreditar que, embora não seja oficialmente suportado pelo Google, é perfeitamente aceitável fazê-lo.