Eu não tenho certeza de que isso teria ocorrido em primeiro lugar, mas há uma correção. No seu Google Chrome, vá para o seguinte:
Menu > Settings > Advanced Sync Settings..
De lá você pode definir o controle manual sobre o que está sendo sincronizado, para que você possa desativar o histórico. Não acredito que seja uma alteração retroativa, portanto, você ainda precisará limpar seu histórico para limpar todas as entradas antigas que já foram sincronizadas para você.