Não é possível desativar o Windows depois de ativado, exceto quando o hardware muda.
Clonar uma partição na mesma máquina não deve resultar em nenhum problema de ativação. A ativação está vinculada ao hardware e, como você ainda está executando na mesma máquina, a ativação ainda é válida.
O que você está planejando fazer aqui não é tão diferente de fazer um backup de imagem do Windows. Se a imagem do Windows foi ativada e restaurada na mesma máquina, ela ainda será ativada. Não tenho motivos para acreditar que seja diferente aqui.