Dependeria do método de descoberta. No caso muito provável de que esses programas usem transmissão local de link (por exemplo, envio de mensagens para 255.255.255.255 ), então não há como fazê-lo funcionar (não é bom, pelo menos), porque essas transmissões são definidos como link-local. O que você poderia fazer é unir os links em um link virtual usando uma única sub-rede, mas isso não parece ser o que você quer, já que você os coloca em diferentes zonas de firewall.
Se os programas usam IP multicast, por outro lado, pode haver maneiras de lidar com isso, mas não posso dizer que estou familiarizado o suficiente com multicast para dar conselhos sobre o procedimento concreto, e duvido muito que eles realmente usam multicast para começar.
No improvável caso de eles usarem o mDNS, a maneira mais simples de corrigir o problema provavelmente seria configurar avahi-daemon no roteador para fazer a ponte entre as sub-redes para fins de mDNS.