Que tal alugar um pequeno (V) -Server por cerca de 10 € (ou menos) por mês que serve o site e está executando um servidor VPN? Você teria então 3 redes, duas físicas, uma virtual. Cada loja recebe um roteador normal, que está conectado à internet. Em seguida, todos os computadores nas lojas se conectam à VPN, para que você obtenha uma grande rede virtual. Você poderia configurar o servidor para servir apenas o site na VPN. Acho que seria muito mais barato do que conectá-los fisicamente via fio ou sem fio etc.
Você pode criar mais de uma sub-rede com a ajuda do servidor VPN, para poder separar as redes como quiser.