Eu costumo procurar em sites de malware pelos arquivos que eles executam ou eles precisam rodar e simplesmente deletá-los de um linux live USB (pode-se até editar o registro do Windows a partir daí). Uma vez no windows eu corro adwcleaner
e está tudo bem. Mas somente se você conseguir encontrar seus arquivos. Caso contrário, você pode precisar de outro tipo de solução.