Primeiro, eu asseguro que a versão do Server 2008 R2 que você está usando suporta impondo regras do AppLocker. As edições Web Server e Foundation não são suportadas e não impõem regras.
Configurei o AppLocker com usuários locais antes, uma coisa que precisei fazer foi garantir que as regras padrão estivessem desativadas para usuários com privilégios administrativos.