Se as strings estiverem em linhas separadas, você pode usar gre de MSYS ou cygwin da seguinte forma:
C:\> grep -v -f thousandLine.txt hundred000line.txt >ninetynine000Line.txt
A opção -v
inverte a correspondência para que a saída seja todas as linhas em hundred000line.txt
que não correspondem a nenhuma linha em thousandLine.txt
. Consulte o manual do grep para obter mais informações.