Se você estiver executando apenas uma VM, uma solução simples é fechar a janela do VirtualBox Manager. A VM continuará em execução.
A caixa virtual é um ícone na barra de tarefas, quando clico nela, ela se torna 2, uma é o aplicativo virtualbox e a outra é a vm. De alguma forma isso é irritante para mim, existe uma maneira de torná-los ícones separados?