Porque existe um suporte explícito de código aberto para configurar a criptografia de disco completo durante o processo de instalação em algumas distribuições, como Debian e Ubuntu. Como é de código aberto, ele pode ser auditado por especialistas em segurança e / ou por aqueles envolvidos (não tenho certeza se alguém fez isso para o código dm-crypt ).
O Windows oferece um recurso comparável chamado Bitlocker, mas ninguém pode verificar esse código além da Microsoft para determinar se há backdoors, etc. O Truecrypt é mais útil no Windows como resultado, e faz sentido que seu uso no Linux seja principalmente para ler volumes existentes (prováveis do Windows) ou criar novos volumes que você possa usar posteriormente para uma instalação do Windows.
Se você instalar sem criptografia e depois mudar de ideia, será um pouco trabalhoso, mas não impossível, convertê-lo em uma instalação criptografada no Linux.