Você deve criar o projeto assim:
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inicie o Advanced Installer e vá para " Java - > Tomcat Web Application " na página inicial. Isso iniciará um assistente que facilitará muito a criação do instalador do seu aplicativo da Web.
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segunda parte, é adicionar o lançador EXE e arquivo para o seu aplicativo de desktop. Aqui você só precisa trabalhar na página Arquivos e Pastas (selecione a pasta desejada ou crie uma nova onde você arrasta e solte os arquivos do seu aplicativo de desktop), e com a página Produtos Java, onde você precisa criar um novo produto (o EXE lançador para o seu aplicativo de desktop), em seguida, volte para a página Arquivos e Pastas e crie um atalho para o seu novo lançador EXE, para que os usuários possam iniciar seu aplicativo.
Os fóruns do AI têm toneladas de informações sobre instalando aplicativos da web com o Tomcat , e para o aplicativo de desktop você tem o tutorial sobre como criar um instalador para aplicativos de área de trabalho java tem algumas dicas.