A maneira como faço isso é definir uma variável de ambiente do sistema HOME como% USERPROFILE%
Consulte o link para obter instruções sobre como fazer isso.
Isso acaba definindo seu diretório home para o emacs como algo como c: \ Users \ yourusername
Em termos de configurar os pasths para TeX e co, você precisa ter certeza de que o caminho que o emacs vê inclua o caminho para esses arquivos. Depende de como você os instalou, mas um guia aproximado estaria no emacs algo como:
(setenv "PATH" (concat "c:/cygwin/bin;" (getenv "PATH")))