É impossível fazer isso. Um formato basicamente remove tudo em uma unidade (para esclarecer, a unidade não é um disco rígido, mas uma letra de unidade), sem exceções.
Além disso, é possível que as pastas que você considera desnecessárias sejam exigidas pelo sistema operacional e não devam ser removidas.
Sua única opção é remover os arquivos / pastas manualmente.