Você tem um pendrive USB de 4 GB? Instale o Ubuntu nele usando o Unetbootin. Eu já fiz isso muitas vezes. Eu não sei porque o mesmo procedimento não funcionaria via um HD externo com partições diferentes, mas acho que é a coisa mais fácil de se tentar. Então você pode remover as partições no HD e tente novamente. O FAT32 deve funcionar para o bastão.