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Instale a ferramenta de sincronização de arquivos (OneDrive? Dropbox? há mais, é questão diferente) para todas as 4 máquinas. Talvez você já tenha algo. Alternativamente, tente sua pasta Roaming no seu perfil de usuário do Windows, se ela já estiver sincronizada entre suas máquinas. Brevemente: faça alguma sincronização trabalhando e entenda qual pasta do seu PC está sincronizada.
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O segundo problema é como sincronizar apenas arquivos NppFTP e não todos os outros arquivos de configuração na mesma pasta. Você tem que criar link físico (junção) para os arquivos de configuração do NppFTP colocados na pasta sincronizada. (Exemplo vinculado mostra o diretório de hard-linking, você tem que fazer isso para cada um dos seus arquivos de configuração.) Isso os tornará visíveis para o processo de sincronização. (Você pode testá-lo, editando-os manualmente).