Eu costumava ter o mesmo problema (semelhante?) após a atualização de 12,10 para 13,04.
Estas linhas piscando aparecem diretamente na tela de login 
Isto é o que eu faço, para fazer a minha tela voltar às suas formas e cores: logo após ouvir esse pequeno som de bateria, digite minha senha e pressione Enter . O tremeluzir ainda não foi embora, então eu saio. Pressione Alt + Ctrl + Del e depois Digite novamente.
Desta forma, estou novamente na tela Log-on, mas desta vez está tudo bem. Faça o login e aproveite seu Ubuntu! ;)
E é assim que eu tenho que fazer toda vez que uso meu laptop. Minha experiência me diz que isso pode ser devido a uma placa de vídeo ou problema de incapacidade do driver. Talvez, é por isso que eu deixo como é ... Eu tenho ASUS A8j bruxa tem gráficos por nVidia, infelizmente ...
Espero que isso ajude de alguma forma para você.
Editar:
Não está mais piscando (quanto a mim). Talvez tenha sido corrigido com as últimas atualizações ... Obrigado:)