Não, você não pode. O MBR é sempre no início do setor 0 do disco (440 bytes do código de inicialização, o restante da tabela de partições). Isso não depende do sistema operacional, já que o próprio firmware (o BIOS) também deve saber onde está o registro de inicialização.
No entanto, o MBR pode carregar um gerenciador de inicialização de outro lugar no disco; muitos gerenciadores de inicialização existentes funcionam dessa forma porque não podem caber no MBR (por exemplo, o MBR do syslinux apenas procura por um arquivo ldlinux.sys e o carrega).