Se você olhar para o site Clonezilla :
Filesystem supported: (1) ext2, ext3, ext4, reiserfs, reiser4, xfs, jfs, btrfs of GNU/Linux, (2) FAT12, FAT16, FAT32, NTFS of MS Windows, (3) HFS+ of Mac OS, (4) UFS of FreeBSD, NetBSD, and OpenBSD, (5) minix of Minix, and (6) VMFS3 and VMFS5 of VMWare ESX. Therefore you can clone GNU/Linux, MS windows, Intel-based Mac OS, FreeBSD, NetBSD, OpenBSD, Minix and VMWare ESX, no matter it's 32-bit (x86) or 64-bit (x86-64) OS. For these file systems, only used blocks in partition are saved and restored. For unsupported file system, sector-to-sector copy is done by dd in Clonezilla.
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Based on Partclone (default), Partimage (optional), ntfsclone (optional), or dd to image or clone a partition. However, Clonezilla, containing some other programs, can save and restore not only partitions, but also a whole disk.
Você pode ver que ele não usa o rsync, mas fará cópias inteligentes do setor em sistemas de arquivos conhecidos. Se o sistema de arquivos não for suportado, recorrerá ao comando dd.
Se você quer um verdadeiro clone do disco de origem, então você pode forçar o clonezilla a usar o dd usando o modo avançado
Atualização: como mencionado por outros, você não conseguirá obter um clone 100% preciso do disco de origem de uma perspectiva de badblock.