Existe um site que está oferecendo um serviço útil, algo que você quer.
Ninite.com
Rolando um pouco para baixo, você pode marcar os programas de uma lista que você deseja instalar. Em seguida, clique no botão "Get Installer". Ele gera um executável que você precisa baixar. Após o download, ele instalará todos os seus softwares selecionados automaticamente. Não sei o método complicado que você queria, mas é mais fácil fazê-lo do que injetá-los em um instalador do Win. Espero que isso ajude um pouco.