Você pode usar gpart para tornar o disco rígido inicializável. Veja a página de manual, especialmente a seção BOOTSTRAPPING.
Instalei o FreeBSD 10.0 de um pen-drive para ser o único sistema no computador e a instalação parecia perfeita.
Quando eu ligo o computador para usar o sistema do disco rígido, ele mostra:
Error 1962: No operating system found. Boot sequence will automatically repeat.
Eu verifiquei o disco ada0 com gpart show e as partições estão lá.
Você pode usar gpart para tornar o disco rígido inicializável. Veja a página de manual, especialmente a seção BOOTSTRAPPING.