Para mim, parece que os caracteres da primeira imagem são rasterizados (fonte rasterizada) e os do segundo são subpixeados (fonte ClearType).
Talvez haja uma fonte padrão diferente configurada nas próprias configurações do URXVT. Ela também pode ser Causada por uma configuração de fonte padrão diferente no próprio SO.
Espero que ajude