O comando rsync que você está fazendo está fazendo do server3 uma cópia estrita de qualquer servidor que esteja copiando. Então, ele se torna um clone do server1 (com A ausente e B lá), então você diz para ele ser um clone do server2 (com A lá e B faltando)
Você pode voltar um nível e explicar o que você pretende fazer aqui?